من المشاكل التي تواجه المسلمين في الغرب وكذلك مستوردي اللحوم للدول الاسلامية من البلاد غير الاسلامية، هي كيفية الحصول على اللحم الحلال الطاهر، ولقد تصدت المؤسسة لهذه القضية بشكل جدي منذ عام ١٩٩٣م، لما تملكه من خبرة واسعة حيث  تمكن مركز الإمام الخوئي الاسلامي في باريس من وضع نظام نموذجي للاشراف على الذبح والتقطيع والتصنيع والتعليب للابقار والدجاج ومتابعة الانتاج حتى وصوله للاسواق.

يتضمن الاشراف تطبيق الاحكام الشرعية في هذا المجال اثناء الذبح ثم تتم متابعة الاشراف في التقطيع للتأكد من نظافة وطهارة الاجهزة وألا يختلط فيها اللحم الحلال بغيره. اما الاشراف على تصنيع اللحوم المعلبة، والتي تتم في مصانع هولندا أو امريكا الجنوبية فانه يتم بشكل دائم مع كل وجبة أو شحنة انتاج حيث يحضر مندوب المؤسسة المشرف على العملية قبل الوقت لتدقيق نظافة المكائن والمعدات وكذلك المواد المضافة والتأكد من خلوها من المواد غير الحلال وفيها يتم حساب المواد الداخلة وكميات الانتاج. ثم يقدم المشرف تقريرا مفصلا بذلك الى مكتب الأمانة العامة في لندن لاصدار "شهادة الحلال" بالكمية المنتجة في تاريخه، وتعتبر هذه الشهادة ضرورية لاستحصال ثمن البضاعة من البنك وكذلك لشحنها الى الاسواق، وبدونها لا يتم صرف الاعتماد المصرفي ولا الشحن.

ومن خلال المشرف فانه يقوم بمتابعة وتدقيق البضاعة لدى وصولها الى الاسواق من خلال مطابقة تواريخ الانتاج  وتواريخ البضاعة المثبتة على العلب.

كما تقوم المؤسسة بالاشراف على انتاج لحوم الدجاج في البرازيل والهند والصين والمرسل الى بعض الدول العربية، حيث يقوم مندوب المؤسسة بالسفر الى الدول المذكورة والحضور في موقع الانتاج مع كل شحنة ولا يتم اي ذبح بدون حضور المشرف، حيث تقوم الشركات المنتجة باخبار واعلام المندوب ليتسنى له الحضور الى موقع الانتاج في الوقت المحدد ويتم الذبح بواسطة ذباحين مسلمين حسب الشروط الشرعية المعروفة، ويتم الرجوع الى المشرف الديني والأمانة العامة في المؤسسة لحل جميع الاشكالات والاستفسارات الشرعية التي تطرأ.